研究组--中国科学院生态环境研究中心

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研究组

环境微生物宏基因组学研究组

组长：	邓晔	所属实验室：	中国科学院环境生物技术重点实验室

　　环境微生物宏基因组学研究组

　　邓晔，研究员，博士生导师。2002年获中南大学学士学位，2007年获浙江大学生物化学与分子生物学博士学位。2005至2007年赴美国交流学习，2007年至2009年，美国俄克拉荷马大学博士后。2009年至2014年，美国俄克拉荷马大学环境基因组研究所研究科学家，信息分析组主管。2014年，到生态环境研究中心工作。在各类SCI杂志上(Science、Ecology Letters、Nature Climate Change、PNAS等)共发表研究论文80余篇。曾作为GeoChip微生物功能基因芯片开发的核心成员之一与周集中教授等分享了2009年美国R&D 100科技大奖。

研究方向：开发和完善高通量宏基因组分子技术，包括高通量测序和基因芯片方法；应用这一新的分子技术研究地域地理差异、全球环境变化和污染等生态过程中微生物群落的响应和反馈机制，揭示微生物群落的组成、结构和功能多样性，物种间的相互作用以及群落与其所生存环境间的关联作用等。

联系方式：E-mail: yedeng@rcees.ac.cn；电话：010-62840082

　　微生物群落物种互作网络的研究

　　邓晔，周集中，贺治理等

随着高通量分子技术在环境微生物和微生物生态研究领域的快速推广，近两年来微生物物种间的网络关系研究逐渐引起了广泛的关注，而我们发展的分子生态网络分析方法(Molecular Ecological Network analysis, MENA)由于其极高的准确性和容错率在诸多的网络分析方法中逐渐脱颖而出，获得了广泛的应用。去年，在一个放射性重金属铀污染的地下水修复系统中，我们成功的运用高通量基因芯片GeoChip监控微生物群落的随时间的变化过程。今年，我们针对该实验的时序数据改进了MENA的算法，成功的揭示出硫酸盐还原菌（Sulfate-reducing bacteria, SRB）在这一环境修复过程中的重要地位，并且由于SRB与其它物种的关系表现为大量的互斥作用，表明微生物群落中的竞争关系在环境修复过程中变得更加激烈，最终这种物种间的相互竞争导致了物种数量的相对下降，随着环境修复的进行微生物群落的多样性才逐渐得以恢复。该研究对运用微生物群落监控环境修复过程和效果也有着一定的指导价值。

运用MENA鉴定微生物群落中的核心微生物物种

组长邓晔研究员

工作人员

金德才

助理研究员

王尚

助理研究员

博士后

于皓

2015

胡秋龙

2016

研究生

博/硕士

入学年份

魏子艳

博士生

2014

孔晓

博士生

2015

吴悦妮

硕博连

2015

王朱珺

硕博连

2015

冯凯

硕士生

2014

刘洋莹

硕士生

2015

张照婧

硕博连

2014（客座）

重要成果：

1. Ye Deng,Ping Zhang, Yujia Qin, QichaoTu, Yunfeng Yang, Zhili He, Christopher Warren Schadt, Jizhong Zhou.Network scession veals the importance of competition in response to emulsified vegetable oil amendment for uranium bioremediation. Environmental Microbiology, 2015.18(1): 205-218

2. Ye Deng, Zhili He, JinboXiong, Hao Yu, Meiying Xu, Sarah E. Hobbie, Peter B. Reich, Christopher W. Schadt, Angela Kent, Elise Pendall, Matthew Wallenstein, Jizhong Zhou.Elevated carbon dioxide accelerates the spatial turnover of soil microbial communities.Global Change Biology,2015. 22(2):957-964

3. 魏子艳,金德才,邓晔.环境微生物宏基因组学研究中的生物信息学方法.微生物学通报，2015. 42（5）：890-901